Ingeklemd tussen Den Haag en Wassenaar ligt het Natura 2000 gebied Meijendel & Berkheide. Een natuurgebied met de hoogst mogelijke beschermingsstatus in Europa. Vanwege deze status is Nederland verplicht het natuurgebied te beschermen tegen achteruitgang en gevolg te geven aan artikel 6.1, 6.2 en 6.3 van de Habitatrichtlijn.
Meijendel is uniek omdat het verschillende soorten biotopen bevat met elk hun eigen kenmerken en planten- en dierensoorten: grijze duinen, vochtige duinvalleien, duinstruwelen, duinbossen en witte of wandelende duinen. Ze zijn allemaal opgenomen in het aanwijzingsbesluit voor de Natura 2000 status.
Het gebied kent een aantal dieren die op de lijst van beschermde, met uitsterven bedreigde diersoorten staan: de nauwe korfslak en de meervleermuis. Naar verwachting worden daar op korte termijn de kleine modderkruiper en de kamsalamander aan toegevoegd. Voor de bescherming van deze dieren is het behoud van hun leefomgeving essentieel. Hoe cynisch is het dat de duinvogel tapuit waarnaar Bezoekerscentrum De Tapuit is genoemd, al is uitgestorven.
Naast met uitsterven bedreigde diersoorten is Meijendel ook leefgebied van een grote hoeveelheid andere diersoorten. In de duinen bij de zee wonen de roodborsttapuit en de veldleeuwerik. In de vochtige duinvalleien, duinmeren en de infiltratieplassen leven veel watervogels, vooral eenden, maar ook dodaars, geoorde fuut, ijsvogel, waterral en krooneend. De nachtegaal, zwartkop, fitis, rietgors en grasmus zijn er vaste broedvogels.
Het meer inlands gelegen binnenduin is leefgebied van bosvogels als havik, tjiftjaf, gekraagde roodstaart en vink. Op https://waarneming.nl worden verder soorten gemeld als braamsluiper, roerdomp, wespendief en kleine bonte specht. Zoogdieren als reeën, vossen, konijnen en egels komen te voorschijn als de schemering invalt. Op zomerse dagen staat het duingebied garant voor talloze libellen, juffers en vlinders. Meijendel is een van de weinige leefgebieden van de prachtige keizersmantel, een van de grootste parelmoervlinders van Europa. Veder zijn grote dikkopjes en bruine zandoogjes actief op de bramenbloesems. In het voorjaar gaan gewone padden en rugstreeppadden in groten getale op zoek naar geschikt water om eieren te leggen. De paddentrek kost elk jaar het leven aan velen, omdat wegen een onneembare barrière blijken.
Uit de natuurdoelanalyse die in 2022 is opgesteld door een onafhankelijk bureau in opdracht van de provincie Zuid-Holland, blijkt dat de natuur in grote delen van Meijendel & Berkheide als ''zeer slecht' worden omschreven. Zonder stevig ingrijpen, gaat het gebied voor toekomstige generaties verloren.